La dirección de la Secretaría de la Corte corresponde a la Secretaría General. Este órgano también tiene encomendado el escrutinio de los laudos y la elaboración de propuestas para la Comisión de Designación de Árbitros, previa consulta al Presidente, así como el resto de funciones atribuidas en las reglas de distribución de competencias de la Corte. La Secretaría General reporta funcionalmente a Presidencia.

La persona que ocupa la Secretaría General tiene incompatibilidad absoluta, no pudiendo actuar como árbitro en ningún arbitraje administrado por la Corte, ni por designación de la Corte ni por las partes.